Úvodní stránka | Tato stránka v originále

Bílkovinová databanka

Bílkovinová databanka (PDB) je úschovna pro 3-D strukturální data bílkoviny a nucleic kyseliny. Tato data, typicky trval Rentgen crystallography nebo NMR spectroscopy, je předložen biology z celého světa, je uvolněn do veřejná doména, a moci být zpřístupňován zdarma.

Strukturální data mohou být používána představit si biomolecules s vhodným softwarem, takový jak rasmol, úder zvonu nebo VRML plugin. PDB websajt také obsahuje prostředky pro vzdělání, strukturální genomics, a příbuzný software.

Jak 2002, databáze obsahovala asi 18, 000 struktur a přijal okolo 2, 000-3, 000 nové na rok. Data jsou skladoval v mmCIF formát specificky vyvinutý pro účel. Poznamenat, že databáze ukládá informaci o přesném umístění všichni atomy v velký biomolecule; jestliže jeden je jen zainteresovaný v sekvenční data, i. e. seznam amino kyseliny tvořit zvláštní bílkovina nebo seznam nucleotides tvořit zvláštní nucleic kyselina, mnohem větší databáze od švýcarský-Prot a mezinárodní Nucleotide sekvenční databázová spolupráce by měla být používána.

Každá struktura publikovala v PDB přjímá čtyři charakter alfanumerický identifikátor, jeho PDB ID. Toto by nemělo být používáno jako identifikátor pro biomolecules, protože často několik struktur pro stejnou molekulu (v různých prostředích nebo conformations) být obsahován v PDB s různý PDB IDs.

Jestliže biolog předloží strukturového údaje pro bílkovinu nebo nucleic kyselina, PDB recenze osazenstev a anotuje to. Data jsou pak automaticky kostkovaný pro pravděpodobnost. zdrojový kód pro tuto validaci software byl uvolněn zdarma. Hlavní databáze přijme to jen experimentálně odvodil struktury, a ne teoreticky předpovídal ones.

Různý financovat agentury a vědecké časopisy nyní vyžadovat, aby vědci předložil jejich strukturového údaje k PDB.

Založený v 1971 Brookhaven národní laboratoř, bílkovinová databanka byla přenesena v 1998 k výzkumu Collaboratory pro strukturální Bioinformatics (RCSB), který je složen Rutgers univerzita, Univerzita Wisconsinu, Madison, NIST a San Diego superpočítačové centrum. Finance přijde z Národní vědecká nadace, Ministerstvo energie, Národní knihovna medicíny a Národní institut obecných lékařských věd. Evropan Bioinformatics institut v UK a ústav pro výzkum bílkoviny v Japonsko také shromáždit, zpracovat a předložit datové soubory.

Vnější spojení